V okviru integralnega postopka izdaje gradbenega dovoljenj se presoja sprejemljivosti izvede v okviru PVO in je naravovarstveno soglasje kot del okoljevarstvenega soglasja v gradbeno dovoljenje. Integralni postopek vodi MOP. Če gradbeno dovoljenje ni potrebno, ARSO izda naravovarstveno soglasje. Če pa izdajo zavrne, lahko nosilec posega v naravo v 90 dnevih po dokončnosti okoljevarstvenega soglasja, predlaga ministrstvu uvedbo postopka prevlade druge javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave. MOP lahko ugotovi, da je ocena sprejemljivosti ugodna, če poseg ne bo škodljivo vplival na varstvene cilje posebnega varstvenega območja ali potencialnega posebnega ohranitvenega območja po ZON. Odločitev MOP o prevladi odpravi izdano naravovarstveno soglasje in določi lahko tudi izravnalne ukrepe.