Zoper gradbeno dovoljenje, izdano v integralnem postopku je možno v 30 dneh vložiti tožbo na Upravno sodišče (upravni spor v skladu z Zakonom o upravnem sporu). Tožbo lahko vložijo vlagatelj vloge za gradbeno dovoljenje, stranski udeleženci v postopku (po 36. in 54. členu GZ), ki so priglasili udeležbo in so bili v postopku do izdaje gradbenega dovoljenja stranski udeleženci. To pa ne velja za nevladne organizacije s statusom delovanja na področju varstva okolja ali ohranjanja narave – te lahko vložijo tožbo na Upravno sodišče v roku 30 dni od objave gradbenega dovoljenja na portalu e-uprave tudi če niso bili udeleženi v postopku izdaje gradbenega dovoljenja.
Če je objekt zgrajen na podlagi pravnomočnega gradbenega dovoljenja vsaj do faze izvedenih grobih gradbenih del in bi razveljavitev ali odprava gradbenega dovoljenja nesorazmerno posegla v pridobljene pravice ali pravne koristi lastnika objekta, se v postopku obnove gradbenega dovoljenja ali v postopku odprave ali razveljavitve po nadzorstveni pravici ugotovi le nezakonitost gradbenega dovoljenja. Poseg v pridobljene pravice ali pravne koristi lastnika objekta je nesorazmeren, kadar je teža posega v pravice in pravne koristi lastnika objekta močnejša od javnega interesa preprečevanja ali odvračanja neposredne nevarnosti za zdravje in življenje ljudi ali neposredne nevarnosti za dele okolja v skladu s predpisi, ki urejajo varstvo okolja. Zaradi ugotovitve nezakonitosti gradbenega dovoljenja ni mogoča uvedba inšpekcijskega postopka.
Ugotovitev zgolj nezakonitosti gradbenega dovoljenja ni možna, če je bilo gradbeno dovoljenje izdano za objekt, za katerega je po predpisih, ki urejajo ohranjanje narave, treba opraviti presojo sprejemljivosti.