Če pristojni upravni organ za gradbene zadeve ugotovi, da je gradnja objekta neugodno ocenjena, o tem obvesti investitorja. Ta lahko najpozneje v 90 dneh po vročitvi obvestila predlaga uvedbo postopka prevlade druge javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave (prevlada javne koristi). Predlog za uvedbo postopka prevlade javne koristi mora vsebovati dopolnjeno poročilo o vplivih na okolje in dokazila o izpolnjevanju pogojev za prevlado javne koristi. Po prejemu predloga za uvedbo postopka prevlade javne koristi pristojni upravni organ za gradbene zadeve prekine integralni postopek do odločitve o predhodnem vprašanju prevlade javne koristi. O prevladi javne koristi odloči vlada pod pogoji in po postopku, kot jih za prevlado javne koristi določa ZON (101. f člen). Z odločitvijo o prevladi druge javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave se odpravi odločba o zavrnitvi izdaje okoljevarstvenega soglasja. Nosilec posega v naravo mora poskrbeti za izvedbo določenih izravnalnih ukrepov.