Pritožba v roku 8 dni se vloži po pravilih Zakona o splošnem upravnem postopku, tožba na Upravno sodišče (upravni spor) pa se vloži v roku 30 dni v skladu z Zakonom o upravnem sporu. Obnova postopka v primeru, če to zahteva oseba, ki bi morala biti stranski udeleženec in ji ta možnost ni bila dana, se dovoli le, če bi obnova postopka lahko pripeljala do drugačne odločitve.
Če je objekt zgrajen na podlagi pravnomočnega gradbenega dovoljenja vsaj do faze izvedenih grobih gradbenih del in bi razveljavitev ali odprava gradbenega dovoljenja nesorazmerno posegla v pridobljene pravice ali pravne koristi lastnika objekta, se v postopku obnove gradbenega dovoljenja ali v postopku odprave ali razveljavitve po nadzorstveni pravici ugotovi le nezakonitost gradbenega dovoljenja. Poseg v pridobljene pravice ali pravne koristi lastnika objekta je nesorazmeren, kadar je teža posega v pravice in pravne koristi lastnika objekta močnejša od javnega interesa preprečevanja ali odvračanja neposredne nevarnosti za zdravje in življenje ljudi ali neposredne nevarnosti za dele okolja v skladu s predpisi, ki urejajo varstvo okolja. Zaradi ugotovitve nezakonitosti gradbenega dovoljenja ni mogoča uvedba inšpekcijskega postopka.
Ugotovitev zgolj nezakonitosti gradbenega dovoljenja ni možna, če je bilo gradbeno dovoljenje izdano za objekt, za katerega je po predpisih, ki urejajo ohranjanje narave, treba opraviti presojo sprejemljivosti.